DNA mikroarray teknologi

Kreft i magesekk og spiserør er en alvorlig sykdom som ofte diagnostiseres for sent til at pasienten kan helbredes. Målsettingen med forskningsprosjektet er å få bedre innsikt i sykdommens biologi for å bidra til forebygging av magekreft, utvikling av mer presis og tidligere diagnostikk, og av et bedre behandlingstilbud som i større grad er tilpasset den enkelte pasienten.

Forskningsprosjektet har kartlagt aktivitetsnivået for 2.500 gener i magekreft. Ved å sammenholde gen-aktivitetsnivå med sykdomskjennetegn som for eksempel spredning, har vi laget såkalte klassifikatorer for magekreftsvulster. Ved hjelp av disse gen-aktivitets-baserte klassifikatorene kan vi med stor nøyaktighet bestemme spredningsgrad og andre viktige sykdomstrekk hos den enkelte pasienten ved å analysere en liten vevsprøve av svulsten. Slike klassifikatorer har stor praktisk verdi i diagnostikk og pasientbehandling. Prosjektet har også gitt kunnskap om nye kreftmarkører som kan øke vår forståelse av magekreftbiologi og være med og danne grunnlag for nye behandlingsstrategier.

Videre forskningsarbeid vil ta sikte på å benytte disse metodene på et større antall pasientprøver for å bekrefte nytteverdien. Forskningsprosjektet har pekt på en rekke interessante gener som tidligere ikke var kjent å ha betydning i magekreft. Vi vil studere den presise rollen til et lite utvalg av disse genene i utvikling av denne typen kreft.

Forskningsprosjektet inngår i en større satsning ved Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet (NTNU) for å bygge opp forskningskompetanse og metoder for funksjonell genomforskning innenfor basalforskning og anvendt klinisk forskning. De nye metodene som er tatt i bruk, DNA mikromatriseteknologi og nye datavitenskapelige metoder, gjør det mulig å utføre analyser av aktiviteten for mange tusen gener i små vevsprøver fra pasienter. Etablering av metodologien har vært utført i nært samarbeid med Mikromatriseforskningsgruppen ved Det Norske Radiumhospital og mikromatriseaktiviteten ved Universitetet i Bergen. Disse har, sammen med NTNU-gruppen, dannet “Nasjonalt nettverk for mikromatrise-basert funksjonell genomforskning” som har gjort mikromatriseteknologi tilgjengelig for forskningsgrupper over hele landet.

Publikasjoner:

Nørsett, K., Lægreid, A., Midelfart, H., Yadetie, F., Falkmer, S., Grønbeck, J.E., Waldum, H.L., Komorowski, J. & Sandvik, A.K. 2002, ”Gene Expression based Classification of Gastric Carcinoma.” Cancer Research. Submitted.