Mikroarrayanalyse av sarkomer

Bakgrunn for prosjektet: Sarkomer er en sammensatt gruppe med ondartede svulster som har sin opprinnelse i mesenkymale stamceller. Svulstene kan oppstå i knokler, muskulatur, fett og annet bindevev, og kan grovt deles opp i bløtvevssarkomer og bensarkomer. Sarkomer er sjeldne og utgjør kun 1 % av alle krefttilfeller, men er betydelig mer vanlig blant barn. Sarkomer klassifiseres i mer enn 50 undergrupper, og riktig behandlingsstrategi og prognose er avhengig av at korrekt diagnose stilles. Dagens diagnostiske teknikker er ikke tilfredstillende, og det er et klart behov for nye tester for å vurdere problemkasus.

Målsetting: Vi ønsket å bruke cDNA mikromatriser for å studere genaktivitet i bløtvevssarkomer. Målet var å identifisere genmønstre som kan forbedre tumor­klassifisering, gi prognostisk informasjon og avdekke markører som kan si noe om utfall av kjemoterapi.

Metode: Et mikro­matrise­forsøk kan betraktes som et molekylært fingeravtrykk som avspeiler en tumors genaktivitet for tusentalls av gener i forhold til en referanseprøve. Slike ekspresjonsprofiler for flere tumorprøver kan videre sammenlignes med klyngeanalyse og slektskap mellom svulster kan avdekkes. For slike profileringsstudier er det avgjørende at flest mulig pasientprøver inngår i forsøksoppsettet, og vi valgte å samarbeide med to forskningsgrupper ved universitetet i Lund i Sverige. Vårt samlede pasientmateriale består av ca. 180 bløtvevssarkomer av noen få undergrupper, og omfattende kliniske data foreligger for disse prøvene. Det er spesielt viktig at slike studier gjøres med så identiske betingelser som mulig for hvert eksperiment. Derfor har vi gjennomført alle hybridiseringene i Lund med cDNA mikromatriser (med 27.000 gener) produsert der.

Resultater: Den praktiske delen av studiet som omfatter alle hybridiseringer og individuell analyse og vurdering av forsøkene er avsluttet. Å analysere alle prøvene under ett ved hjelp av avanserte bioinformatiske analyser er et omfattende arbeid. Videre har vi måttet reevaluere de kliniske data, slik at endelig analyse først blir ferdig i år.

Videre har vi brukt mikroarray til å studere genekspresjon i en sarkomprøve dyrket i nakne mus (xenograft) og til å studere effekt av hemming av P-glycoprotein, et membranprotein som oppregulert kan gi kjemoterapiresistens.

Publikasjoner:

Nilbert M, Meza-Zepeda LA, Francis P, Berner JM, Namløs HM, Fernebro J & Myklebost O (2004) “Lessons from genetic profiling in soft tissue sarcomas.” Acta Orthop Scand Suppl, nr. 75, s. 35-50.

Berner JM, Müller C, Holden M, Wang J, Hovig E & Myklebost O “Sampling effects on gene expression data from a human tumour xenograft.” Innsendt manuskript.

Francis P, Berner JM, Namløs HM, Müller C, Nilbert M, Borg A, & Myklebost O “Expression profiling of soft tissue sarcoma by cDNA microarrays.” Manuskript.

Lehne G, Berner JM, Adamsen BL, Meza-Zepeda LA & Myklebost O “Genetic analysis of a multidrug resistant leukemia cell line.” Manuskript.

Myklebost O, Berner JM, Adamsen BL & Lehne G ”Effect of the cyclosporin PSC 833 by inhibition of P-glycoprotein in multidrug resistant leukemia cell line analysed by microarray gene expression analysis.” Manuskript.